Sistem ini juga pernah dicadangkan oleh kerajaan PRC untuk Taiwan, tetapi kerajaan Republik China (ROC) enggan menerima cadangan ini. (Pernah didakwa juga bahawa sistem ini asalnya direka untuk Taiwan.) Peruntukan-peruntukan khas untuk tentera ROC turut dicadangkan juga. Konsep "Satu negara, dua sistem" ini selalunya tidak disambut baik di Taiwan, ditunjukkan oleh undian yang mencatat 80% yang membantah berbanding 10% sahaja yang menyokong.[3] Semua parti-parti politik Taiwan, termasuklah yang cenderung kepada penyatuan semula China turut kuat mengecam idea "satu negara, dua sistem" ini. Ada yang mencadangkan "satu negara, dua kerajaan" yang terang-terang dibangkang oleh Parti Komunis China, manakala ada yang mencadangkan bahawa "satu negara" dalam "satu negara, dua sistem" ini sewajarnya adalah ROC dan bukan PRC. Antara sebilangan kecil orang Taiwan yang terang-terang menyokong "satu negara, dua sistem" termasuklah pengarang novel Li Ao.

Meskipun konsep "satu negara, dua sistem" menjamin sistem ekonomi dan politik Hong Kong tidak akan terjejas selama 50 tahun selepas penyerahan oleh pihak British pada tahun 1997, namun Majlis Hal Ehwal Tanah Besar Republik China (Taiwan) telah memetik 169 kes di mana mereka mendakwa pihak PRC telah mencabuli hak rakyat Hong Kong untuk berkerajaan sendiri serta bercampur tangan dalam sistem kehakiman dan juga kebebasan bersuara secara mendalam.[4]

Semenjak Hu Jintao mengambil alih tampuk pemerintahan, pihak PRC berhenti memupuk penyatuan semula dengan segera melalui konsep "satu negara, dua sistem" (namun kekal sebagai dasar rasmi) untuk memberi laluan kepada penyepaduan ekonomi dan pertukaran politik secara beransur-ansur.[5] Pendekatan ini ditekankan ketika lawatan parti campuran Seluruh Biru ke tanah besar pada tahun 2005.[6] Kerangka "satu negara, dua sistem" tidak disebut sekali pun dalam Undang-Undang Anti-Pemisahan.